Profesor Jan Szmurło do 1936 r. kierował Katedrą i Kliniką Otolaryngologii Uniwersytetu im. Stefana Batorego w Wilnie. Był zwolennikiem podniesienia znaczenia otorynolaryngologii (potocznie znanej jako laryngologia) jako odrębnej gałęzi medycyny i propagował ideę uczynienia z niej oddzielnego przedmiotu na uczelniach medycznych. Opublikował 4-tomowy podręcznik do otolaryngologii, który w 1936 r. został nagrodzony przez Polską Akademię Umiejętności. Choć prof. Szmurło formalnie odszedł wtedy na emeryturę, z powodu śmierci swojego następcy prof. T. Wąsowskiego kierował kliniką aż do 1938 roku. Później rozpoczął pracę w Zakładzie Histologii Uniwersytetu Warszawskiego.
W czasie okupacji prowadził zajęcia z otolaryngologii na tajnym Uniwersytecie Warszawskim. Był członkiem Rady Głównej Opiekuńczej. Pracował w Ambulatorium Szkolnym i był konsultantem w warszawskich szpitalach: Ujazdowskim, Dzieciątka Jezus, Skarbowców i Maltańskim.
Profesor pomógł w ocaleniu żydowskiej dziewczynki, dziesięcioletniej Basi z getta warszawskiego. W sierpniu 1942 r. ojciec Basi, Witold Góra, zwrócił się po pomoc do swojego przyjaciela Kazimierza Krauzego. Chciał umieścić dziecko po „stronie aryjskiej”. Małżeństwo Krauze zgodziło się ukryć dziewczynkę, potem także jej ojca. Mieszkali niedaleko getta, więc sąsiedztwo to wzbudzało strach w uciekinierach. Niebawem Basia została umieszczona u znajomej Wandy Dzierżanowskiej. Choć dziewczynka została przedstawiona jako krewna, sąsiedzi podejrzewali, że jest Żydówką. Wtedy, za zgodą i poleceniem prof. Szmurło, dzieckiem zaopiekowała się jego córka Maria Janina. Rodzice dziewczynki kolejno ukrywali się w różnych miejscach, a rodzina Krauze nieustająco ich wspierała. Wszyscy przeżyli wojnę.
W czasie powstania warszawskiego profesor Szmurło pełnił funkcję lekarza w szpitalu powstańczym batalionu „Gozdawa” przy ul. Piusa XI i w Szpitalu ss. Urszulanek. Po upadku powstania wraz z personelem i pacjentami został wywieziony do Piastowa.
Profesor Szmurło został w 1947 r. mianowany kierownikiem inhalatorium i konsultantem naukowym Państwowego Zakładu Zdrojowego w Ciechocinku. Od 1949 r. kierował Katedrą Historii Medycyny Uniwersytetu Łódzkiego. Zajmował się także filozofią medycyny i należał do polskiej szkoły filozofii medycyny.
