Jan Brzeski był z zawodu lekarzem medycyny. Praktykę prowadził w rodzinnym Brzesku oraz w najbliższej okolicy. Przed wojną, jak wskazała w liście do Instytutu Yad Vashem jego żona Władysława, był człowiekiem o poglądach nacjonalistycznych, a w młodości działał nawet w antysemickiej organizacji młodzieżowej. Te poglądy nie przeszkodziły mu jednak w niesieniu aktywnej pomocy Żydom podczas okupacji. Za swoją działalność i nocne wyjazdy do potrzebujących pomocy już w 1941 r. został zaaresztowany przez gestapo i spędził w więzieniu w Tarnowie kilka miesięcy. Został zwolniony, gdy w Brzesku wybuchła epidemia tyfusu plamistego. Niemcy nakazali mu wrócić do pracy, ponieważ w mieście brakowało lekarzy.
W Brzesku przed wybuchem wojny mieszkała liczna społeczność żydowska, stanowiąca blisko 60% populacji miasta. Wiosną 1941 r. Niemcy utworzyli tam getto, w którym zamknięto ok. 6 tys. osób. 17 i 18 września 1942 r. nastąpiła jego likwidacja – ludzi chorych, starych oraz niezdolnych do pracy zamordowano na miejscu, pozostałych zaś deportowano do obozu zagłady w Bełżcu.
Przez te dni, w trakcie akcji przeprowadzanej przez Niemców w brzeskim getcie, Jan Brzeski ukrywał Naftalego Schiffa oraz Żyda z Bochni w piwnicy swojego domu. Udzielał również pomocy lekarskiej Żydom, którzy zdołali zbiec po likwidacji getta w Brzesku i ukrywali się w mieście oraz okolicach. Wśród osób, które leczył znalazła się Regina Sperber, żona Hermana Sperbera. Małżeństwo mieszkało przed wojną na pograniczu wsi Dębno i Porąbka Uszewska. Brzeski asystował przy trudnym porodzie Reginy. W późniejszym okresie bunkier, w którym ukrywali się Sperberowie został zdekonspirowany, a z przebywających tam ok. 12 osób ocalał tylko Herman Sperber.
Brzeski leczył także Lili Matzner, która w trakcie okupacji przebywała w kryjówce u gospodarza o nazwisku Topolski we wsi Jadowniki. „Zaświadczam, że w latach 1942-45 ukrywałam się w bunkrach na wsi pod Brzeskiem będąc trzykrotnie ciężko chora [zapalenie płuc, krwotok spowodowany poronieniem] [...], wzywałam dr. Brzeskiego z Brzeska, który zgodził się przyjechać do mnie. I rzeczywiście trzykrotnie w nocy wioząc bocznymi drogami został do mnie przez ludzi zaufanych w tajemnicy przywieziony, czemu zawdzięczam życie zwłaszcza w wypadku krwotoku. Przy czym zaznaczam, że dr Brzeski nie wziął ode mnie żadną razą honorarium”. Lili Matzner przeżyła wojnę.
Doktor Brzeski udzielał pomocy lekarskiej również Stefanii Liban i jej siostrze oraz siostrzenicy, ukrywającym się na tzw. aryjskich papierach we wsi Jasień. Brzeski płacił także za lekarstwa dla żydowskiego chłopca, który ukrywał się z matką we wsi Pomianowa. Ponadto podczas okupacji przechowywał odzież i kosztowności Heleny Taub-Jachcel, które to rzeczy zwrócił jej po zakończeniu wojny. Brzeski pomógł jej także w zorganizowaniu tzw. aryjskiej kenkarty na nazwisko Helena Janicka oraz zaopatrzył ją w metrykę chrztu. Kobieta przeżyła okupację.
Nie są znane dokładne przedwojenne kontakty Jana Brzeskiego z Żydami, którym udzielał pomocy. Nie jest zatem wykluczone, że część z nich była jego przedwojennymi pacjentami. Po wojnie ocaleni Żydzi złożyli zeznania w jego sprawie: „Niżej podpisani Żydzi z Brzeska zaświadczają, że dr Jan Brzeski z Brzeska w okresie okupacji szedł z pomocą lekarską ludności żydowskiej z całą gotowością i to tak w pierwszym okresie jak i w najcięższych czasach ukrywania się i pogromu”.
