Kornel Michejda był profesorem Katedry i Kliniki Chirurgicznej Uniwersytetu Stefana Batorego w Wilnie. Dał się wówczas poznać jako świetny organizator i kierownik. Stworzył od podstaw Katedrę Chirurgii umożliwiając tym samym rozwój tej dziedziny medycyny na ziemiach wschodnich. Przeciwstawiał się zasadzie numerus clausus. Pisał w swoich wspomnieniach: „[…] dyskryminacja taka była jednym z haniebnych reliktów niedawnej przeszłości, niezależnie od motywów, jakimi się powodowano”.
15 grudnia 1939 r. Uniwersytet Stefana Batorego został zamknięty, a profesor pozbawiony stanowiska. W okresie okupacji pracował jako chirurg w szpitalach powiatowych na Wileńszczyźnie oraz uczestniczył w tajnym nauczaniu.
Wśród jego licznych pacjentów byli Żydzi. Wspomina jednego z nich: „[…] jeszcze raz go operowałem w roku 1942, a więc po latach piętnastu, już podczas okupacji niemieckiej. Chory był narodowości żydowskiej i do chwili operacji ukrywał się w lesie. Umieściłem go w Lecznicy św. Józefa (dawniej Przeździeckich), podczas wojny obróconej na pewnego rodzaju szpital powszechny, do którego przyjmowano Polaków, Białorusinów, Żydów i innych uciskanych niezależnie od ich zdolności płatniczych”.
W swoim domku nad Jeziorem Gulbińskim (pod Wilnem) ukrywał swoich dwóch żydowskich przyjaciół z Uniwersytetu Stefana Batorego: profesorów Ignacego Abramowicza i Michała Reichera. Mężczyźni zamieszkali z kilkoma siostrami Nazaretankami w letnim domu w Gulbinach w czerwcu 1941 roku, czyli zaraz po wkroczeniu Niemców do Wilna. Siostry opiekowały się profesorami oraz co raz wymyślały alibi dla częstych transportów żywności. W ostatnich miesiącach 1944 r. prof. Reicher dołączył do leśnych oddziałów Armii Krajowej jako zastępca szefa sanitarnego Okręgu Wileńskiego.
Kornel Michejda równocześnie udzielał pomocy lekarskiej Żydom zbiegłym z obozu pracy w Karabelkach, którzy dzięki pomocy między innymi Andrzeja Michejdy, syna Kornela, byli przekazywani do oddziałów leśnych AK.
13 marca 1945 r. prof. Michejda wyjechał z Wilna do Lublina pociągiem repatriacyjnym.
Po wojnie objął stanowisko kierownika nowopowstałej Akademii Lekarskiej w Gdańsku. W 1948 r. został mianowany kierownikiem II Katedry Chirurgii Uniwersytetu Jagiellońskiego. Pełnił także funkcję prorektora i rektora krakowskiej Akademii Medycznej.
