Marcin Czyżykowski w czasie wojny mieszkał w Białymstoku wraz z żoną Marią i dwiema dwuletnimi córeczkami. Od momentu utworzenia w mieście getta Czyżykowscy czynnie zaangażowali się w pomoc jego mieszkańcom. Białostockie getto skupiało ponad 40 tysięcy Żydów z miasta i okolic. Trafili tam również przedwojenni znajomi rodziny.
Marcin Czyżykowski dostarczał do getta pożywienie oraz lekarstwa. Pomagał także najbardziej potrzebującym członkom organizacji żydowskich działających za murem. W roku 1941 wstąpił do AK, w której szeregach jako „Bartek” został oddelegowany do kontaktów z gettem. W ramach tej działalności dostarczał do getta fałszywe papiery dające Żydom szansę na ucieczkę i przeżycie po „aryjskiej” stronie. Organizował także przerzuty broni dla żydowskich partyzantów oraz ucieczki ludzi do lasu. Ratował też żydowskie dzieci – wynosił je na „aryjską” stronę i umieszczał w żłobkach, sierocińcach i przedszkolach sióstr Szarytek. Działalność ta wymagała dużej odwagi i wiązała się z ogromnym ryzykiem.
Czyżykowski pisał:Moim zadaniem był kontakt z gettem. Ratowałem dzieci poprzez kontakty z duchownymi. Kiedyś przeniosłem 12 maleństw – niektóre były jeszcze w becikach. Bałem się, że ich płacz może zwrócić uwagę na mnie. Szarytki przyjmowały dzieci do żłobka, a starsze do przedszkola.
Mieszkanie państwa Czyżykowskich służyło jako kryjówka dla zbiegów z getta. Małżeństwo przechowywało w swoim domu m.in. rodziny Kaczmarczyków i Neumarków. Maria i Marcin uznawali pomoc potrzebującym Żydom za swój obowiązek, niezależnie od trudności na jakie napotykali.
W kwietniu 1944 roku Marcin Czyżykowski został aresztowany przez gestapo za działalność konspiracyjną i trafił do więzienia, następnie do obozu w Mauthausen-Gusen. Wrócił do Białegostoku po wyzwoleniu.
